Investigación

RNA Seq/Small RNA Seq

Nuestra representada Bioo Scientific ofrece una completa línea de kits de preparación de librerías compatibles con  las plataformas de Illumina con mejoras importantes en los tradicionales kits de RNA Seq.

La amplia variedad de  kits para preparación de librerías a partir de RNA permiten diferentes tipos de aplicaciones como medida cuantitativa de expresión génica, análisis de transcriptoma u obtención de perfiles de microRNA entre otras muchas.

PRINCIPALES CARACTERÍSTICAS

  • Tecnología mejorada en etapa de la ligación que permite gran número de secuencias únicas. (Improved-Library-Prep-Offers-Higher-Percentage-of-On-target-Reads-Better..pdf .)
  • Tecnología de índices aleatorios. Reducción del sesgo de las etapas de amplificación y permite cuantificación.
  • Los kits permiten trabajar con hasta 96 barcodes.
  • Protocolos automatizables.

 

BENEFICIOS

  • Amplio rango de formatos.
  • Kits modulares.
  • Protocolos sencillos.

 

Gamas

El Kit NEXTflex ™ rápido direccional qRNA-Seq pendiente de patente, ™ permite el análisis de la expresión génica direccional con alta precisión partiendo de  10 ng  a 100 ng  mRNA o de 10 ng  a 10 g rRNA- empobrecido-rRNA .Desarrollado en colaboración con celular Research Inc., este kit genera librerías de  RNA direccionales equivalente a las librerías de RNA- convencionales, pero con la característica añadida de indexación molecular. lo que permite la detección apropiada de antisentido y la expresión ncRNA.

 

REFERENCIAS

Referencia Descripción Formato
5130-01D NEXTflex™ Rapid Directional qRNA-Seq™ Kit (4 barcodes) 8 reacciones
5130-02D NEXTflex™ Rapid Directional qRNA-Seq™ Kit (24 barcodes) - Set A 48 reacciones
5130-03D NEXTflex™ Rapid Directional qRNA-Seq™ Kit (24 barcodes) - Set B 48 reacciones
5130-04D NEXTflex™ Rapid Directional qRNA-Seq™ Kit (24 barcodes) - Set C 48 reacciones
5130-05D NEXTflex™ Rapid Directional qRNA-Seq™ Kit (24 barcodes) - Set D 48 reacciones

 

PUBLICACIONES

  • Bertuso, Paula D. Roles of regulation of mRNA cleavage in Mycobacterium smegmatis. MS Thesis. Worcester Polytechnic Institute, 2016.
  • Ennajdaoui, H., et al. (2016) IGF2BP3 Modulates the Interaction of Invasion-Associated Transcripts with RISC. Cell Reports. doi: 10.1016/j.celrep.2016.04.083.
  • Palanichamy, J. K., et al. (2016) RNA-binding protein IGF2BP3 targeting of oncogenic transcripts promotes hematopoietic progenitor proliferation. J Clin Invest. doi:10.1172/JCI80046.
  • Wessels, H. H., Hirsekorn, A., Ohler, U., Mukherjee, N. (2016) Identifying RBP Targets with RIP-seq. Dassi, E. (ed.) Protocol: Post-Transcriptional Gene Regulation. Volume 1358 of the series Methods in Molecular Biology (pp 141-152). New York, NY. Springer.
  • Uso de la tecnología de índices moleculares aleatorios.
  • Gracias a la tecnología mejorada de la etapa de ligación se obtiene un mayor número de secuencias únicas.
  • Permite trabajar desde 10 ng - 1 mg de RNA total enriquecido con el kit NEXTflex ™ poli (A) o ~ 1 ng - 100 ng de o RNA empobrecido-rRNA.
  • Permite trabajar con hasta 96 barcodes.
  • Protocolos de automatización disponibles.
  • Kits  validados con las plataformas de secuenciación de Illumina.

 

Procura un método sencillo y flexible para la obtención de librerías de lectura única, paired-end, MULTIPLEX a partir de mRNA o RNA total empobrecido de rRNA. El kit permite obtener información ¨stranded ¨direccional que permite identificar la cadena específica de DNA de la que procede un transcrito RNA , con una especificidad superior al 99%. Esta información de los transcritos mejora los alineamientos y por tantos supone una reducción del costo de lectura

 

REFERENCIAS

Referencia Descripción Formato
5138-07 NEXTflex™ Rapid Directional RNA-Seq Kit 8 reacciones
5138-08 NEXTflex™ Rapid Directional RNA-Seq Kit 48 reacciones
5138-10 NEXTflex™ Rapid Directional mRNA-Seq Kit Bundle with RNA-Seq Barcodes 1 - 24 and poly(A) beads 48 reacciones
5138-11 NEXTflex™ Rapid Directional mRNA-Seq Kit Bundle with RNA-Seq Barcodes 25 - 48 and poly(A) beads 48 reacciones
512911 NEXTflex™ RNA-Seq Barcodes - 6 48 reacciones
512912 NEXTflex™ RNA-Seq Barcodes - 12 96 reacciones
512913 NEXTflex™ RNA-Seq Barcodes - 24 192 reacciones
512914 NEXTflex™ RNA-Seq Barcodes - 48 384 reacciones
512915 NEXTflex-96™ RNA-Seq Barcodes - 96 768 reacciones

 

  • 2 horas más rápido que el tradiconal protocol de RNA Seq.
  • Procura una lectura precisa de la orientación de la cadena (más de un 99%).
  • Mínima manipulación.
  • Utiliza metodología basada en dUTP.
  • Permite usar hasta 96 barcode.
  • Protocolos automatizables.
  • Validados para plataformas Illumina.

 

El kit de preparación de librería Nextflex qRNA-seq permite con alta precisión el análisis de expresión génica y la detección cuantitativa de DNA inmunoprecipitado por ChiPSeq. En colaboración en su desarrollo con el Cellular Research Inc, este kit genera librerías equivalentes a un RNAseq o ChiP convencional pero con el valor añadido de la introducción de índices aleatorios moleculares. Esta tecnología permite distinguir en cadenas iguales de DNA si son copias procedentes de una misma PCR o bien si son moléculas provenientes de las etapas previas a la amplificación. Esto permite de una manera digital la medida de expresión génica así como corregir las distorsiones que provocan las etapas comunes de amplificación.

 

REFERENCIAS

Referencia Descripción Formato
5130-11 NEXTflex™ qRNA-Seq™ Kit v2 (4 barcodes) 8 reacciones
5130-12 NEXTflex™ qRNA-Seq™ Kit v2 (24 barcodes) - Set A 48 reacciones
5130-13 NEXTflex™ qRNA-Seq™ Kit v2 (24 barcodes) - Set B 48 reacciones
5130-14 NEXTflex™ qRNA-Seq™ Kit v2 (24 barcodes) - Set C 48 reacciones
5130-15 NEXTflex™ qRNA-Seq™ Kit v2 (24 barcodes) - Set D 48 reacciones

 

PUBLICACIONES

  • Takahashi, S., Takayanagi, A., Takahashi, Y., Oshima, T. and Nishida, H. (2016) Comparison of transcriptomes of enlarged spheroplasts of Erythrobacter litoralis and Lelliottia amnigena. AIMS Microbiology. 2:2, 152-189. doi: 10.3934/microbiol.2016.2.152.

 

  • Mide con alta precisión lecturas únicas de RNA Seq o ChiPseq.
  • Gracias a la tecnología mejorada de la etapa de ligación se obtiene un mayor número de lecturas de  secuencias únicas.
  • Permite trabajar desde 10 ng - 1 µg de RNA  total enriquecido con el kit NEXTflex ™ poli (A) o ~ 1 ng - 100 ng de RNA empobrecido de-rRNA o 500pg de ChiP DNA.
  • Permite trabajar con hasta 96 códigos de barras.
  • Protocolos de automatización disponibles.
  • Kits  validados con las plataformas de secuenciación de Illumina.

 

Los kits NEXTflex™ Rapid RNA-Seq para plataformas Illumina procuran una solución sencilla para la preparación de librerías single end o paired end así como una amplia variedad de multiplexado. El kit incorpora la Rapid Reverse Transcriptase  que ejecuta la conversión a cDNA de una manera robusta y eficaz.

 

REFERENCIAS

Referencia Descripción Formato
5138-01 NEXTflex™ Rapid RNA Sequencing Kit 8 reacciones
5138-02 NEXTflex™ Rapid RNA Sequencing Kit 48 reacciones
512911 NEXTflex™ RNA-Seq Barcodes - 6 48 reacciones
512912 NEXTflex™ RNA-Seq Barcodes - 12 96 reacciones
512913 NEXTflex™ RNA-Seq Barcodes - 24 192 reacciones
512914 NEXTflex™ RNA-Seq Barcodes - 48 384 reacciones
512915 NEXTflex-96™ RNA-Seq Barcodes - 96 768 reacciones

 

PUBLICACIONES

  • Boutrin, M.-C., et al. (2015) A putative TetR regulator is involved in Nitric Oxide stress resistance in Porphyromonas gingivalis. Molecular Oral Microbiology. doi: 10.1111/omi.12128.
  • Páneka, T., et al. (2016) First multigene analysis of Archamoebae (Amoebozoa: Conosa) robustly reveals its phylogeny and shows that Entamoebidae represents a deep lineage of the group. Molecular Phylogenetics and Evolution. doi:10.1016/j.ympev.2016.01.011.
  • Park, S. J., et al. (2014) Optimization of crop productivity in tomato using induced mutations in the florigen pathway. Nature Genetics. 46, 1337–1342. doi:10.1038/ng.3131.
  • Tan, M. H., et al. (2015) First comprehensive multi-tissue transcriptome of Cherax quadricarinatus (Decapoda: Parastacidae) reveals unexpected diversity of endogenous cellulose. Organisms Diversity & Evolution. Pg 1 – 16. Doi: 10.1007/s13127-015-0237-3.

 

  • Protocolo más rápido que RNAseq tradicionales.
  • Uso de la NEXTflex Rapid Reverse Transcriptase.
  • Permite trabajar desde 10 ng - 1 µg de ARN total enriquecido con el kit  NEXTflex™ poli (A) o ~ 1 ng - 100 ng de  RNA empobrecido-rRNA.
  • Permite trabajar con hasta 96 códigos de barras.
  • Protocolos de automatización disponibles.
  • Kits validados con las plataformas de secuenciación de Illumina.

 

El kit NEXTflex™ Small RNA-Seq usa una tecnología patentada que permite reducir el sesgo en la preparación de librerías de smallRNA en plataformas Illumina con opciones de etapas exentas de geles o muy bajo material de partida. Mediante el uso de adaptadores con bases aleatorias en las etapas de ligación se reduce el sesgo que existe usando adaptadores normales. Esto permite la detección de mayor número de microRNA que con el método tradicional.

 

REFERENCIAS

Referencia Descripción Formato
5132-05 NEXTflex™ Small RNA-Seq Kit v3 (8 barcodes) 8 reacciones
5132-06 NEXTflex™ Small RNA-Seq Kit v3 (48 barcodes) 48 reacciones

 

PUBLICACIONES

  • Palanichamy, J. K., et al. (2016) RNA-binding protein IGF2BP3 targeting of oncogenic transcripts promotes hematopoietic progenitor proliferation. J Clin Invest. doi:10.1172/JCI80046.

 

  • Protocolos completamente libres de etapas de geles a partir de cantidades normales.
  • Aumento de la detección de smallRNA.
  • Mayor exactitud de los datos gracias al uso de los adaptadores con bases aleatorias.
  • Bajo input : 1ng.
  • Uso de la enzima Air Ligase que ofrece una mayor profundidad en la lectura.
  • Permite trabajar con hasta 10.5 µl de tu muestra de RNA.
  • Permite trabajar con hasta 48 códigos de barras.
  • Validados para plataformas Illumina.

 

El kit NEXTFLEX COMBO-SEQ mRNA/miRNA permite la preparación de librerías de mRNA y small RNA en un único flujo de trabajo.

Mediante el uso de adaptadores con extremos aleatorios se mejora la eficiencia de ligación a los small RNAs reduciéndose en gran medida el sesgo y permitiendo por tanto una identificación y cuantificación más precisa de los miRNAs, piRNAs, snoRNAs y otros small RNAs.

El protocolo se basa en una técnica novedosa en la que los mRNA a través de su cola de poli (A) se transcriben y mientras se encuentran hibridados al cDNA son fragmentados por la enzima RNasaH. De esta manera se consiguen fragmentos de mRNA de longitud similar a los miRNA lo que facilita que se procesen posteriormente de manera conjunta.

 

REFERENCIAS

Referencia Descripción Formato
NOVA 5139-01 NEXTflex Combo-Seq™ mRNA/miRNA Kit  8 rxns

 

  • Preparación de librerías de mRNA y small RNA de forma simultánea.
  • Input de 1ng a 100 ng de RNA total.
  • Compatible con cfRNA.
  • Protocolo totalmente exento de geles.
  • No requiere eliminar el rRNA ni seleccionar los mRNA por poli(A).
  • Beads y barcodes incluídos en el kit.
  • Contiene Indices Duales Únicos (UDIs).
  • Compatible con plataformas Illumina.
  • Tiempo de preparación de la librería de 7h.
  • Posibilidad de automatización.

 

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