Investigación

Metagenómica

Rafer dispone de varias soluciones  para estudios en metagenómica. Desde preparación de librerías hasta servicio de  análisis a través de sus representadas Bioo Scientific y Era7.

En los últimos años la importancia de estudios en el área de la metagenómica está aumentando de forma considerable y se espera que continúe.  Las aplicaciones son tan diversas que puede abarcar la salud pública, farmacología, medioambiente, agroalimentario, veterinaria entre otros muchos.

Rafer aborda  este área de gran importancia bajo dos vías. Por una parte, nuestra representada  Bioo Scientific dispone de kits de preparación de librerías mediante amplicones, y por otro lado desde el  año 2014 Rafer colabora  con  la empresa española Era7 Bioinformatics experta en el diseño, análisis e interpretación de proyectos de metagenómica a nivel mundial.  La interpretación de resultados obtenidos por técnicas NGS es clave para alcanzar el máximo conocimiento del estudio. Era7 es experta en optimizar los  diferentes proyectos de metagenómica gracias al uso de herramientas diseñas por ellos que han obtenido reconocimiento internacional.

 

Gamas

La secuenciación de genes de  16S rRNA se utiliza para estudiar la filogenia y taxonomía de muestras de microbianas complejas o entornos que son difíciles o imposibles de estudio. La secuenciación de ARNr 16S se puede utilizar para especificar asignaciones taxonómicas, hasta  nivel de especie. Bioo Scientific ofrece Kits NEXTflex® 16S Amplicon-Seq para este fin, que están optimizados para la preparación de librerías en  plataformas Illumina

 

REFERENCIAS

Referencia Descripción Formato
4202-01 NEXTflex™ 16S V1-V3 Amplicon-Seq Kit (4 Barcodes)   8 reacciones
4202-02 NEXTflex™ 16S V1-V3 Amplicon-Seq Kit (12 Barcodes)  24 reacciones
4202-03 NEXTflex™ 16S V1-V3 Amplicon-Seq Kit (48 Barcodes)  96 reacciones
4202-04 NEXTflex™ 16S V1-V3 Amplicon-Seq Kit (Barcodes 1- 96) 192 reacciones
4202-05 NEXTflex™ 16S V1-V3 Amplicon-Seq Kit (Barcodes 97 - 192) 192 reacciones
4202-06 NEXTflex™ 16S V1-V3 Amplicon-Seq Kit (Barcodes 193 - 288) 192 reacciones
4202-07 NEXTflex™ 16S V1-V3 Amplicon-Seq Kit (Barcodes 289 - 384) 192 reacciones
4203-01 NEXTflex™ 16S V4 Amplicon-Seq Kit 2.0 (4 Barcodes)   8 reacciones
4203-02 NEXTflex™ 16S V4 Amplicon-Seq Kit 2.0 (12 Barcodes)  24 reacciones
4203-03 NEXTflex™ 16S V4 Amplicon-Seq Kit 2.0 (48 Barcodes)  96 reacciones
4203-04 NEXTflex™ 16S V4 Amplicon-Seq Kit 2.0 (Barcodes 1- 96) 192 reacciones
4203-05 NEXTflex™ 16S V4 Amplicon-Seq Kit 2.0 (Barcodes 97 - 192) 192 reacciones
4203-06 NEXTflex™ 16S V4 Amplicon-Seq Kit 2.0 (Barcodes 193 - 288) 192 reacciones
4203-07 NEXTflex™ 16S V4 Amplicon-Seq Kit 2.0 (Barcodes 289 - 384) 192 reacciones

 

PUBLICACIONES

  • Quereda, J. J., et al. (2016) Bacteriocin from epidemic Listeria strains alters the host intestinal microbiota to favor infection. PNAS. doi:10.1073/pnas.1523899113.
  • Ranjan, R., Rani, A., Metwally, A., McGee, H. S. and Perkins D. L. (2015) Analysis of the microbiome: Advantages of whole genome shotgun versus 16S amplicon sequencing. Biochem Biophy Res Com. doi:10.1016/j.bbrc.2015.12.083.
  • Yao, J. et al. (2016) A Pathogen-Selective Antibiotic Minimizes Disturbance to the Microbiome. Antimicrob. Agents Chemother. 00535-16. doi:10.1128/AAC.00535-16.

 

  • Protocolo sencillo y rápido.
  • Bajo input; 1ng de DNA genómico.
  • Permite trabajar con hasta 384 códigos de barras.
  • No requiere primers de secuencia por parte del usuario.
  • Los kits se pueden automatizar.
  • Validados para plataformas Illumina.

El kit NEXTflex™ 18S ITS Amplicon-Seq está diseñado para preparar librerías de amplificación multiplex que abarcan tanto las regiones hipervariables ITS1 e ITS2 de genes eucariotas 18S ARN ribosomal (ARNr) para la identificación de hongos no cultivables y micro-organismos eucariotas. Estas bibliotecas son compatibles con la con la plataforma Illumina® MiSeq.

 

REFERENCIAS

Referencia Descripción Formato
4210-01 NEXTflex™ 18S ITS Amplicon-Seq Kit (4 Barcodes  8 reacciones
4210-02 NEXTflex™ 18S ITS Amplicon-Seq Kit (12 Barcodes) 24 reacciones
4210-03 NEXTflex™ 18S ITS Amplicon-Seq Kit (48 Barcodes) 96 reacciones
4210-04 NEXTflex™ 18S ITS Amplicon-Seq Kit (Barcodes 1- 96) 192 reacciones
4210-05 NEXTflex™ 18S ITS Amplicon-Seq Kit (Barcodes 97 - 192) 192 reacciones
4210-06 NEXTflex™ 18S ITS Amplicon-Seq Kit (Barcodes 193 - 288) 192 reacciones
4210-07 NEXTflex™ 18S ITS Amplicon-Seq Kit (Barcodes 289 - 384) 192 reacciones

 

  • Bajo sesgo PCR y alto número de secuencias de lectura.
  • Protocolo rápido y sencillo.
  • Bajo input :1ng de DNA genómico.
  • Permite trabajar con hasta 384 códigos de barras.
  • Protocolos automatizables.
  • Validados en plataforma MiSeq.

 

Era7 Bioinformatics es una empresa bioinformática especializada en análisis de secuencias, gestión de conocimiento e interpretación de datos masivos.

El equipo de Era7 incluye bioinformáticos, matemáticos, desarrolladores de software, bioquímicos, biotecnólogos y médicos. Tiene una amplia experiencia investigadora con experiencia en diversos campos siendo capaces de integrar diferentes tipos de conocimiento lo que permite entender los problemas, analizarlos desde distintos puntos de vista y utilizar todos los recursos técnicos de distintas áreas para resolverlos.

 

  • Era7 dispone del conocimiento para poder trabajar con las distintas plataformas NGS del mercado: Illumina, PacBio y Ion Torrent.
  • Estudios genómica bacteriana: Anotación de genomas bacterianos, comparativa genómica, ensamblaje de genomas con PacBio.
  • Análisis de microbiomas para obtener perfiles taxonómicos y funcionales.
  • Análisis de 16S: Secuenciación de regiones variables de RNA ribosomal 16S para estudiar la diversidad bacteriana.

 

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