Investigación

Epigenetica

Nuestra representada Bioo Scientific ofrece  kits específicos para estudios de epigenetica. Permitiendo el estudio de  secuencias metiladas  de todo el genoma o la secuenciación de bisultito de representación reducida RRBS (“Reducced Representation Bisulfite Sequencing).

El patrón de metilación del DNA es muy variable entre los tipos de células y etapas de desarrollo, y está influenciada por el procesos de enfermedad y factores genéticos. La metilación del DNA se ha demostrado que influyen en el embalaje de la cromatina, lo que afecta la eficiencia de la transcripción. Las áreas de estudio que se basan en gran medida en el análisis de metilación del ADN incluyen la reparación del DNA, control del ciclo celular, biología del desarrollo, la investigación del cáncer, y la identificación de biomarcadores y dianas farmacológicas potenciales.

La NGS es una herramienta esencial para los estudios de metilación del ADN, ya que ofrece una mayor densidad en  la cobertura y flexibilidad a un precio rentable en comparación con técnicas de análisis alternativos. Dos métodos principales son los que se utilizan para la secuenciación de metilación: secuenciación de todo el genoma, que ofrece un perfil global de los patrones de metilación o la representación reducida con   bisulfito (RRBS), que describe exactamente qué citosinas están metiladas.

ChiP-seq se utiliza para analizar cómo las proteínas interactúan con el DNA. ChiP-Seq incorpora una etapa de inmunoprecipitación con la  cromatina (CHIP) con DNA- para identificar los sitios de unión de proteínas asociadas al DNA, de forma  que se puede utilizar para mapear sitios de unión globales para cualquier proteína. El kit NEXTflex chip-Seq se utiliza en los estudios de interacciones entre proteínas, DNA, RNA y, lo que permite la interpretación de los procesos  centrales de regulación de muchos procesos biológicos.  

PRINCIPALES CARACTERÍSTICAS

  • Uso de la tecnología mejorada de la etapa de ligación que permite obtener un gran número de lecturas únicas.
  • Etapas purificación basadas en beads.
  • Posibilidad automatizar.
  • Kits validados para plataformas Illumina.

 

Documentación relacionada

Gamas

El NEXTflex™ Metil-Sec 1 kit está diseñado para enriquecer y preparar librerías de DNA metilado utilizando plataformas de secuenciación Illumina®. NEXTflex metil-Seq utiliza dos métodos de captura MeDIP o metil-CpG  (MECAP) para la detección de DNA metilado que permite al usuario evaluar fácilmente el estado de metilación del genoma.

 

REFERENCIAS

Referencia Descripción Formato
5118-01 NEXTflex™ Methyl Sequencing 1 Kit 8 reacciones
5118-02 NEXTflex™ Methyl Sequencing 1 Kit 48 reacciones
514101 NEXTflex™ DNA Barcodes - 6 48 reacciones
514102 NEXTflex™ DNA Barcodes - 12 96 reacciones
514103 NEXTflex™ DNA Barcodes - 24 192 reacciones
514104 NEXTflex™ DNA Barcodes - 48 384 reacciones
514105 NEXTflex-96™ DNA Barcodes - 96 768 reacciones

 

PUBLICACIONES

  • Martínez Pinto, J. (2014) Neonatal exposure to estradiol reprograms the expression of androgen receptor and anti-müllerian hormone [recurso electrónico]: short and long term effects and their relation to the polycystic ovary phenotype. Disponible en http://www.repositorio.uchile.cl/handle/2250/116937.
  • Winans, B., et al. (2015) Linking the Aryl Hydrocarbon Receptor with Altered DNA Methylation Patterns and Developmentally Induced Aberrant Antiviral CD8+ T Cell Responses. The Journal of Immunology. 194:9, 4446-4457.

 

  • Evaluación de los niveles de metilación con una amplia cobertura del genoma.
  • Preparación de librerías ricas en secuencias metiladas utilizando método de inmuno precipitación MeDIP o MECAP.
  • Identificación de regiones diferencialmente metiladas.
  • Uso de código de barras en formatos de 6, 12, 24, 48, 96 y 384 de un solo índice.
  • Etapas de purificación basados en beads.
  • Posibilidad de automatizar protocolos.
  • Validado para plataformas Illumina.

 

El Kit™ NEXTflex bisulfito-Seq permite la preparación de librerías tanto de la representación reducida  de bisulfito (RRB) como  la secuencia  de bisulfito de todo el genoma (WGBS). La master  Mix NEXTflex™ U  polimerasa incluida en el kit es capaz de leer moldes de ADN con uracilo  y amplificarlos

 

REFERENCIAS

Referencia Descripción Formato
5119-01 NEXTflex™ Bisulfite Sequencing Kit 8 reacciones
5119-02 NEXTflex™ Bisulfite Sequencing Kit 48 reacciones
511911 NEXTflex™ Bisulfite-Seq Barcodes - 6 48 reacciones
511912 NEXTflex™ Bisulfite-Seq Barcodes - 12 96 reacciones
511913 NEXTflex™ Bisulfite-Seq Barcodes - 24 192 reacciones
511921 NEXTflex™ Msp1 Restriction Enzyme 8 reacciones
511922 NEXTflex™ Msp1 Restriction Enzyme 48 reacciones

 

PUBLICACIONES

  • Agarwal, P., et al. (2015) CGGBP1 mitigates cytosine methylation at repetitive DNA sequences. BMC Genomics, 16:390. doi:10.1186/s12864-015-1593-2.
  • Berg, A., et al. (2015) Obesity is Associated With DNA Methylation in Population-Based Adolescents. Circulation. Poster: 131:AP260, Session Title: Obesity.
  • Ye, R., et al. (2015) A Dicer-Independent Route for Biogenesis of siRNAs that Direct DNA Methylation in Arabidopsis. Molecular Cell. doi:10.1016/j.molcel.2015.11.015.

 

  • Compatible con la secuenciación de bisulfito total y representación reducida.
  • Resolución de un solo nucleótido en sitios de metilación.
  • Uso de códigos de barras metilados.
  • Etapas de purificación basados en beads.
  • Posibilidad de automatizar protocolos.
  • Validado para plataformas Illumina.

 

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