Investigación

Enriquecimiento

No siempre es rentable ni interesante hacer el estudio del genoma  completo para el estudio de variantes genéticas Las técnicas para capturar las secuencias de interés pueden resolver las cuestiones que se hacen en diferentes proyectos.

A través de nuestra representada Bioo Scientific cubrimos una amplia gama de productos para poder abordar de diferentes maneras el enriquecimiento de librerías. Diferentes proyectos deben abordarse de diferentes maneras. Disponemos de diferentes plataformas para abordar todas las necesidades.

PRINCIPALES CARACTERÍSTICAS

  • Paneles de amplicones hechos a medida.
  • Posibilidad de trabajar en formatos de amplicones multiplex o singleplex de alto rendimiento.
  • Kits de captura para trabajar con química Sure Select.
  • Kits de captura para  trabajar con química Nimblegene.

 

Gamas

La secuenciación de amplicones  se basa en una secuenciación de alta profundidad de productos PCR para el estudio de variaciones genéticas y diferencias de expresión génica. . Bioo Scientific ofrece tanto ensayos hechos a medida de las necesidades de cada usuario así como paneles pre-diseñados.

Los paneles NEXTflex™ amplicón permiten a los investigadores secuenciar un gran número de regiones de genes específicos de muestras seleccionadas para el análisis de los puntos calientes de una mutación dentro de un subconjunto de  genes o la detección de variaciones del número de copias (CNV), fusiones de genes bien definidos y SNPs. Los paneles de RNA están diseñados para detectar diferencias en los niveles de RNA de genes de interés. Los paneles NEXTflex son fácilmente escalables, fáciles de usar ,kits rentables, rápidos, que se pueden aplicar a una amplia gama de organismos y / o genes.

 

PUBLICACIONES

  • PAG XXIV Poster: Using NEXTflex Amplicon Studio for SNPs Detection in the Flax (Linum usitatissimum) Genome by Illumina-based Targeted Sequencing
  • Whitepaper: Designing Amplicon Panels: New Technology Enables High Uniformity and Multiplexing Capabilities - GEN

 

  • 100% de cobertura de las regiones diana.
  • Gracias al uso del software NEXTflex™ Amplicon Studio se logra un diseño de  pimers que ofrecen paneles con más de un 90% de las bases cubiertas en 0,2x  de la cobertura media y más de 90% de lecturas diana.
  • Validación y optimización: Todos los paneles están diseñados para incrementar la uniformidad y reducir las lecturas no deseadas.
  • Los paneles pueden ser validados usando muestras de los usuarios.
  • Solución completa: Los paneles se ofrecen con el diseño de los primers, reactivos para preparación de librerías, reactivos de amplificación y los barcodes para multiplexar.
  • Se pueden usar hasta 384 barcodes.

 

Bioo Scientific ofrece una solución para la preparación de librerías para plataformas  Illumina completa que contiene los reactivos de preparación de librería, los adaptadores y los bloqueantes  con capacidad para multiplexar hasta 96 muestras y optimizado para su uso con la captura de Roche NimbleGen SeqCap en la etapa final.

 

REFERENCIAS

Referencia Descripción Formato
5144-41 NEXTflex™ Rapid Pre-Capture Combo Kit (24 barcodes) 48 reacciones
5144-42 NEXTflex™ Rapid Pre-Capture Combo Kit (48 barcodes) 96 reacciones
5144-43 NEXTflex™ Rapid Pre-Capture Combo Kit (96 barcodes) 192 reacciones

 

ARTICULOS

  • Suren, H., et al.  (2016) Exome capture from the spruce and pine giga-genomes. Molecular Ecology Resources Mol Ecol Resour. doi:10.1111/1755-0998.12570.

 

  • Bajo input de muestra: tan solo 10ng de DNA.
  • Optimizado: Ofrece un gran número de lecturas diana.
  • Permite trabajar con hasta 96 barcodes en single index.
  • Compatible con plataformas Illumina.
  • Protocolos automatizables.

 

Bioo Scientific ofrece una solución para la preparación de librerías para plataformas  Illumina completa que contiene los reactivos de preparación de librería, los adaptadores y los bloqueantes  con capacidad para multiplexar hasta 96 muestras y optimizado para su uso con la captura de Agilent Sure Select XT y Sure Select XT2 para trabajar en exomas o con los paneles hereditarios.

 

REFERENCIAS

Referencia Descripción Formato
5144-61 NEXTflex™ Pre- and Post- Capture Combo Kit Agilent SureSelectXT Compatible, Set A (16 Barcodes) 16 reacciones
5144-62 NEXTflex™ Pre- and Post- Capture Combo Kit Agilent SureSelectXT Compatible, Set B (16 Barcodes) 16 reacciones
5144-63 NEXTflex™ Pre- and Post- Capture Combo Kit Agilent SureSelectXT Compatible, Set C (16 Barcodes) 16 reacciones
5144-64 NEXTflex™ Pre- and Post- Capture Combo Kit Agilent SureSelectXT Compatible, Set D (16 Barcodes) 16 reacciones
5144-65 NEXTflex™ Pre- and Post- Capture Combo Kit Agilent SureSelectXT Compatible, Set E (16 Barcodes) 16 reacciones
5144-66 NEXTflex™ Pre- and Post- Capture Combo Kit Agilent SureSelectXT Compatible, Set F (16 Barcodes) 16 reacciones
5144-67 NEXTflex™ Pre- and Post- Capture Combo Kit Agilent SureSelectXT Compatible, Set G (96 Barcodes) 96 reacciones
5144-51 NEXTflex™ Pre- and Post- Capture Combo Kit Agilent SureSelectXT2 Compatible, Set A (16 Barcodes) 16 reacciones
5144-52 NEXTflex™ Pre- and Post- Capture Combo Kit Agilent SureSelectXT2 Compatible, Set B (16 Barcodes) 16 reacciones
5144-53 NEXTflex™ Pre- and Post- Capture Combo Kit Agilent SureSelectXT2 Compatible, Set C (16 Barcodes) 16 reacciones
5144-54 NEXTflex™ Pre- and Post- Capture Combo Kit Agilent SureSelectXT2 Compatible, Set D (16 Barcodes) 16 reacciones
5144-55 NEXTflex™ Pre- and Post- Capture Combo Kit Agilent SureSelectXT2 Compatible, Set E (16 Barcodes) 16 reacciones
5144-56 NEXTflex™ Pre- and Post- Capture Combo Kit Agilent SureSelectXT2 Compatible, Set F (16 Barcodes) 16 reacciones
5144-57 NEXTflex™ Pre- and Post- Capture Combo Kit Agilent SureSelectXT2 Compatible, Set G (96 Barcodes) 96 reacciones

 

 

  • Rápido: Protocolo de tan solo 2 horas.
  • Bajo input: 100ng DNA.
  • Uso de bloqueantes específicos. Se obtiene un alto rendimiento de lecturas de las secuencias diana reduciendo el número de secuencias de los bloqueantes. (ver pdf  Improved-Library-Prep-SureSelectXT2-Target-Capture.pdf)
  • Automatizable.

 

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