Bioo Scientific ofrece una amplia gama de Barcodes (índices) para abordar el multiplexado de muestras por diferentes vías dependiendo de la aplicación y la plataforma a usar.
En la secuenciación masiva es importante optimizar las carreras en el secuenciador dado su elevado coste. Pero no para todas las aplicaciones se puede aplicar un mismo criterio.
Antes de realizar un ensayo NGS es importante valorar la forma en que queremos hacer nuestra carrera. Hay que determinar si nos interesa correr un alto volumen de muestras a la vez, o queremos reducir al máximo las ambigüedades, o incluso la plataforma que vamos a usar. Estos son algunos de los parámetros que hay que valorar.
Bioo Scientific trabaja desde hace mucho tiempo en el desarrollo de Bracode, esto les ha permitido ir a la cabeza en el desarrollo de mayor número de barcode así como la calidad de los mismos. Recientemente han lanzado al mercado los Unique Dual Index que elimina cualquier ambigüedad en las plataformas grandes de Illumina.
Gamas
En el uso de los dual index barcode en secuenciación masiva puede producirse el fenómeno conocido como “index hopping”. Este efecto, más habitual en celdas de flujo modeladas (patterned flow cells), provoca un salto de los índices a otra muestra pudiendo llegar a producirse una identificación errónea de la misma.
Bioo Scientific junto con Mike Quail del Sanger Institute han desarrollado un conjunto de barcodes que contienen índices duales únicos que permiten multiplexar hasta 192 muestras. Estos índices duales de 8 nucleótidos no están repetidos en todo el set, ayudando a mitigar el efecto “index hopping” o fenómenos de propagación de señales asociados a estas células de flujo modeladas.
REFERENCIA
| Referencia | Descripción | Formato |
|---|---|---|
| NOVA-514150 | NEXTFLEX® Unique Dual Index Barcodes – 1 - 96 (en placa de 96 pocillos) | 192 reacciones |
| NOVA-514151 | NEXTFLEX® Unique Dual Index Barcodes – 97 - 192 (en placa de 96 pocillos) | 192 reacciones |
- Adaptadores únicos de índice dual para multiplexar hasta 96 bibliotecas de secuenciación en equipo Illumina®
- Mitigar el efecto de salto de índice o propagación de señal que puede ocurrir durante la secuencia.
- Cada lote de los códigos de barras de índices únicos únicos NEXTflex® está validado funcionalmente y probado para la pureza del índice por secuenciación.
- Compatible con la secuenciación Illumina® con un solo emparejamiento y una sola lectura.
Los dual Index DNA Barcode son dos kits que contienen 96 adaptadores combinados de código de doble indexado para la preparación de bibliotecas en equipos Illumina® permitiendo la multiplexación profunda de muestras de secuenciación NGS compatibles con la automatización de alto rendimiento.
Aumentan la escala de manera significativa, a la vez que reducen los costos al permitir al usuario agrupar hasta 192 muestras en una sola celda de flujo.
Estos kits son compatibles con el kit NEXTflex ™ Rapid DNA-Seq, el kit NEXTflex ™ Methyl DNA-Seq, el kit NEXTflex Cell Free DNA-Seq y otros kits de preparación de librerías de ADN genómico.
Para requisitos de mayor volumen, está disponible el formato personalizado y a granel.
REFERENCIAS
| Referencia | Descripción | Formato |
|---|---|---|
| NOVA-514160 | NEXTflex® Dual-Indexed DNA Barcodes (1 - 96) | 768 reacciones |
| NOVA-514161 | NEXTflex® Dual-Indexed DNA Barcodes (97 – 192) | 768 reacciones |
- Permite la multiplexación profunda de las bibliotecas Illumina DNA para aplicaciones NGS.
- Índice de 8 nt contenido dentro de la secuencia del adaptador.
- Aumenta la escala de secuencia agrupando hasta 192 muestras en una sola celda de flujo.
- Los kits se suministran en un formato de placa de 96 pocillos.
- Compatible con las plataformas de secuenciación Illumina.
Los códigos de barras NEXTflex-HT ™ son adaptadores de índice único compatibles con Illumina que proporcionan una flexibilidad sin precedentes y capacidades de alto rendimiento en las aplicaciones de secuenciación. La multiplexación con códigos de barras NEXTflex-HT aumenta drásticamente la escala a la vez que reduce los costos al permitir que el usuario agrupe múltiples bibliotecas en un solo carril de celda de flujo.
Estos códigos de barras se pueden usar con secuencia de lectura única o secuencia de lectura combinada y son compatibles con los kits de preparación de bibliotecas NEXTflex diseñados para la secuenciación Illumina y otros flujos de trabajo de preparación de librerías Illumina que implican la ligación de adaptadores a fragmentos adenilados.
REFERENCIAS
| Referencia | Descripción | Formato |
|---|---|---|
| NOVA-514170 | NEXTflex-HT™ Barcodes - 6 (en tubos) | 48 reacciones |
| NOVA-514174 | NEXTflex-HT™ Barcodes 1 - 96 (en placa 96 pocillos) | 192 reacciones |
| NOVA-514175 | NEXTflex-HT™ Barcodes 97 - 192 (en placa 96 pocillos) | 192 reacciones |
| NOVA-514176 | NEXTflex-HT™ Barcodes 193 - 288 (en placa 96 pocillos) | 192 reacciones |
| NOVA-514177 | NEXTflex-HT™ Barcodes 289 - 384 (en placa 96 pocillos) | 192 reacciones |
- Adaptadores de índice único para multiplexar hasta 384 librerías Illumina.
- Aumento número de secuencias agrupando cientos de muestras en una sola celda de flujo.
- Compatible con la secuenciación de Illumina de doble y de lectura única.
- Máxima flexibilidad de las combinaciones de agrupación adecuadas para Illumina.