COVID-19

Nuestra respresentada MGI, dispone de kits de extracción de RNA viral para extracción manual o automática en equipos MGISP y dos aproximaciones para el estudio de genoma completo del virus, una basada en metratranscriptómica y otra en amplicones mediante multiplex-PCR.

 

Para la extracción del RNA viral contamos con un kit en formato de 96 o 1728 muestras con marcado CE-IVD, apropiado para aplicaciones RT-PCR y NGS. La extracción se puede hacer de forma manual o automatizada en los robots MGISP-100 (hasta 32 muestras en 80 min) o MGISP-960 (hasta 192 muestras en 80 min).

 

Para la secuenciación masiva del genoma completo disponemos de dos aproximaciones:

  • Metatranscriptómica: basado en la secuenciación de todo el RNA presente en la muestra que permite monitorización de mutaciones importantes debidas a recombinaciones y es capaz de detectar otros patógenos presentes en la muestra. La estrategia de secuenciación es SE100 con 100M reads si el RNA viral está a baja concentración o a 10-20 M de reads si se utiliza el kit de depleción de RNA ribosomal. Las librerías son automatizables en los equipos MGISP-100 (hasta 16 librerías) y MGISP-960 (hasta 96 librerías). Debido a la elevada cantidad de datos que se obtienen se recomienda un equipo DNBSEQ-G400 que puede procesar hasta 32 muestras en 24 horas, para un número de muestras menor se podría utilizar el equipo DNBSEQ-G50 (de 3 a 5 muestras) y para un rango mayor de muestras recomendamos el DNBSEQ-T7 que es capaz de procesar hasta 128 muestras por día. El software PFI para análisis de datos FASTQ completaría la solución, ya que permite generar el informe.

 

  • Panel de amplicones basado en la tecnología CleanPlex de Paragon Genomics. Se basa en una amplificación dirigida del genoma del SARS-CoV-2 y es adecuado para la detección del coronavirus, para estudios epidemiológicos y para investigación. Este panel está diseñado para minimizar las interacciones con el cDNA humano y tiene un diseño tolerante con las mutaciones del genoma viral. Tiene una alta sensibilidad y uniformidad, por lo que solamente se necesitan 0.3M lecturas por muestra, lo cual disminuye considerablemente los costes de secuenciación. Dependiendo del rendimiento deseado se puede elegir entre el secuenciador DNBSEQ-G50, capaz de secuenciar hasta 96 muestras/run o el secuenciador DNBSEQ-G400 que procesa hasta 768 muestras/run.

 

  • El panel de amplicones (ATOPlex) basado en multiplex-PCR es adecuado hacer estudios epidemiológicos a gran escala, ya que es capaz de detectar mutaciones SNVs, permite la cuantificación relativa de la carga viral y resulta muy económico por que solo requiere 5M de reads por muestra. El flujo de trabajo es sencillo y la preparación de librerías es rápida. Para utilizar esta estrategia el equipo más adecuado es el DNBSEQ-G50 que puede procesar hasta 96 muestras al día o para mayor número de muestras el DNBSEQ-G400 que procesa hasta 700 muestras por día.

 

Ver más

Gamas

KIT EXTRACCIÓN DE DNA/RNA VIRAL CE-IVD

  • Formato 96 o 1728 muestras.
  • Extracción manual o automatizada.
  • Apropiado para aplicaciones PCR, RT-PCR, NGS.

 

 

EXTRACCIÓN MANUAL

  • Formato 96 muestras.
  • Separador magnético 16 posiciones incluido a partir de 960 muestras.
  • Tiempo de extracción para 96 muestras: 2-3 horas.

 

 

AUTOMATIZACIÓN MGISP-100 CE-IVD o RUO

  • Extracción automática escalable: 8 muestras en 40 min / 16 muestras en 50 min / 24 muestras en 60 min / 32 muestra en 80 min.
  • Fungible extracción incluido.
  • Preparación automática de 16 librerías NGS.

 

 

 

AUTOMATIZACIÓN MGISP-960 CE-IVD o RUO

  • Varias configuraciones con capacidad de extracción 96 muestra en 60 min o 192 muestras en 80 min.
  • Fungible extracción incluido.
  • Varias configuraciones SIN o CON capacidad para preparación automática de 96 librerías NGS.

 

 

 

 

Referencia Descripción Formato
 1000021043  Kit extracción DNA/RNA Viral CE-IVD  1728 preps.
 1000021042  Kit extracción DNA/RNA Viral CE-IVD     96 preps.

 

  • Con marcado CE-IVD.
  • Buena estabilidad de extracción.
  • Alta tasa de éxito de extracción de muestras de baja concentración.
  • Compatibles con amplio número de muestras.
  • Adaptable a sistemas automatizados de procesamiento de muestras.
  • Adecuado para aplicaciones posteriores: PCR, RT-PCR, hibridación de chips, secuenciación, etc.
  • Altamente eficiente: componentes químicos optimizados.

 

SECUENCIACIÓN DEL GENOMA COMPLETO PARA MONITORIZACIÓN DE MUTACIONES:

  • Detección de mutaciones importantes debidas a recombinación.
  • Detección de otros virus RNA presentes en la muestra - coinfecciones.

Secuenciación de todo el RNA presente en la muestra mediante RAN-SEQ.

Estrategia SE100 con profundida 100M reads O 10-20M reads con depleción RNA ribosomal.

 

KITS DE PREPARACIÓN DE LIBRERÍAS

  • MGIEasy Library RNA Prep Set, 16 o 96 rxns.
  • MGIEasy rRNA Depletion Kit, 32 rxns. (opcional)
  • Tiempo de preparación manual de 7 a 9 horas.
  • Automatizable en equipos:
    • MGISP-100 CE-IVD o RUO: 16 librerías por run.
    • MGISP-960 CE-IVD o RUO: 96 librerías por run.

 

 

SECUENCIACIÓN MASIVA

Equipos basados en tecnología DNBSEQ: alta precisión, baja tasa de duplicados y reducción del Index Hopping

  • DNBSEQ-G50 CE-IVD: 3 a 5 muestras por run en 24 horas (100M/muestra).
  • DNBSEQ-G400 CE-IVD: 16 a 32 muestras por run en 24 horas (100M/muestra).
  • DNBSEQ-T7 CE-IVD: 32 a 128 muestras por run en 20 horas (100M/muestra).

 

 

 

 

ANÁLISIS DE DATOS: SOFTWARE PFI (opcional)

  • Base de datos de 25.000 microorganismos, incluido SARS-CoV-2.
  • Permite la identificación rápida de patógenos y la generación de informes.

 

PROCEDIMEINTO

 

Referencia Descripción Formato
 1000006383  Set de preparación de librerías MGIEasy RNA.  16 reacciones
 1000005953  Kit depleción MGIEasy rRNA (opcional).  32 reacciones
 510-000164-00  Software FPI (Opcional)  

Además requiere:

  • Equipo de secuenciación DNBSEQ-G50, DNBSEQ-G400 o DNBSEQ-T7.
  • Set de secuenciación (incluye flowcell y reactivos de secuenciación).
  • Equipo automatización librerías MGISP-100 o MGISP-960 y fungibles (opcional) .

 

  • Secuenciación masiva de todos los ácidos nucleicos presentes en la muestra, requiere de análisis bioinformático para detectar los microorganismos patógenos incluido del SARS-CoV-2.
  • Secuenciación de la secuencia completa del genoma.
  • Tiempo de ensayo: desde RNA total son de 7 a 9 horas en preparación librería más tiempo de secuenciación.
  • >100M de reads por muestra para baja concentración de RNA o 10-20M con depleción de RNA ribosomal.
  • Es capaz de detectar otros patógenos.
  • Estrategia de secuenciación recomendada: SE50, SE100, PE100.
  • No permite la cuantificación de la carga viral.
  • Sensibilidad 10 copias / ml.
  • Compatible con secuenciadores DNBSEQ-G50, DNBSEQ-G400 y DNBSEQ-T7.
  • Compatible con sistema de automatización de librerías MGISP-100 y MGISP-960.

 

SECUENCIACIÓN DEL GENOMA COMPLETO PARA MONITORIZACIÓN DE MUTACIONES:

  • Detección de mutaciones SNVs.
  • Detección del virus con alta sensibilidad de 5 a 10 copias/ml.
  • Permite cuantificación relativa.
  • Resulta muy económico.

Secuenciación dirigida mediante panel de Amplicones (296) en un solo tubo por MULTIPLEX-PCR, flujo de trabajo sencillo.

Estrategia SE200 o PE100 para secuenciación y SE50 para detección con profundidad 5-10 M readas.

 

KITS DE PREPARACIÓN DE LIBRERÍAS

  • ATOPLEX SARS-Cov2 full length genome panel, 96 rxns.
  • Tiempo de preparación manual 5 horas con solo 1-1,5 horas de manipulación.
  • Automatizable en equipos:
    • MGISP-100 CE-IVD o RUO: 16 librerías por run.
  • MGISP-960 CE-IVD o RUO: 96 librerías por run.

 

SECUENCIACIÓN MASIVA

  • Equipos basados en tecnología DNBSEQ: alta precisión, baja tasa de duplicados y reducción del Index Hopping
    • DNBSEQ-G50 CE-IVD: 16 a 96 muestras por run en 24 horas (5M/muestra).
    • DNBSEQ-G400 CE-IVD:  Hasta 600-700 muestras por run en 24 horas (5M/muestra).

 

 

PROCEDIMIENTO

 

  • Secuenciación masiva los ácidos nucleicos de una muestra específica (captura previa SARS-CoV-2) y aplicación bioinformática para detectar secuencias capturadas.
  • Secuenciación de la secuencia completa del genoma.
  • Tiempo de ensayo: desde RNA total son unas 5 horas de preparación librería más tiempo de secuenciación.
  • 5M de reads por muestra.
  • No es capaz de detectar otros pagótenos.
  • Estrategia de secuenciación recomendada: PE100, SE200.
  • Permite la cuantificación de la carga viral.
  • Sensibilidad 5-10 copias / ml.
  • Compatible con secuenciadores DNBSEQ-G50, DNBSEQ-G400 y DNBSEQ-T7.
  • Compatible con sistema de automatización de librerías MGISP-100 y MGISP-960.

 

Es una solución para el enriquecimiento dirigido de amplicones basada en una PCR altamente multiplexada para NGS que cubre el genoma completo del SARS-CoV-2, exceptuando 92 bases en los extremos.

Consta de un total de 343 amplicones divididos en 2 pools. El flujo de trabajo es rápido, sencillo y automatizable. Partiendo de ARN, las librerías estarán listas para secuenciar en 5 horas.

  • Reducción de costes significativo: solo se necesitan 0.2-0.3M lecturas por muestra, en comparación con 10-20M de lecturas requeridas mediante aproximaciones metagenómicas.
  • Alta cobertura de las regiones diana: proporciona un 99% de cobertura del genoma del SARS-CoV-2.
  • Detección sensible: es capaz de detectar hasta 2 copias del genoma viral, en comparación con las 10 copias de otros métodos, como RT-qPCR.
  • Rendimiento excelente: prepara librerías NGS de alta calidad basadas en la tecnología CleanPlex, que permite el uso eficiente de las lecturas de secuenciación.

 

Top