WGS - Genoma completo

Las soluciones WGS de MGI están especialmente diseñadas para la realización de librerías de genoma completo para las plataformas de secuenciación de alto rendimiento de MGI. Además, la automatización del flujo de trabajo es posible combinando los kits con el sistema de preparación de muestras automático MGISP.

 

MGI nos ofrece 4 tipos de librerías para secuenciación de genomas completos: con o sin PCR y con fragmentación enzimática o física.

PRINCIPALES CARACTERÍSTICAS

  • Basados en tecnología DNBSEQ

 

BENEFICIOS

  • Alta calidad de secuencias.
  • Reducción tasa duplicados.
  • Reducción Index Hopping.

 

FLUJO DE TRABAJO

 

TABLA DE SELECCIÓN DE KITS

PRODUCTO MGIEasy Universal DNA Library Prep Set MGIEasy FS DNA Prep Set MGIEasy PCR-Free DNA Library Prep Set MGIEasy FS PCR-Free DNA Library Prep Set MGIEasy stLFR Library Prep Set

Tipo de muestra

gDNA/Meta DNA/FFPE/cfDNA/ChIP DNA gDNA/Meta DNA/FFPE gDNA/Meta DNA gDNA/Meta DNA gDNA/Meta DNA

Cantidad inicial

(0.5-50)ng DNA fragmentado (5-400)ng gDNA (120-200)ng DNA fragmentado (0.2-1)µg DNA  10 ng gDNA

Tiempo total

~ 4.5 horas ~ 5.5 horas ~ 3.5 horas ~ 4.5 horas ~ 7 horas

Tamaño fragmento

250-420 bp 300-420 bp 350-400 bp 350-475 bp 300-1000 bp

Método fragmentación      

Mecánica Enzimática Mecánica Enzimática Mecánica
Ventajas Versátil Adecuado para la automatización Rendimiento excelente en la detección de variantes Más rápido Más completo en la detección del tipo de variación

 

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Gamas

La preparación de esta librería está optimizada para convertir 80-200 ng de fragmentos de ADN seleccionados por tamaño en una librería personalizada sin amplificación por PCR. La preparación de librería de WGS de MGI sin PCR, combinada con los secuenciadores DNBSEQTM de MGI es el único y verdadero  flujo de trabajo NGS libre de PCR, que resulta en cero acumulación de errores y una alta precisión de los datos. 

 

ESPECIFICICACIONES DEL PRODUCTO

 Nombre del producto  MGIEasy PCR-Free DNA Library Prep Set
 Aplicación  Secuenciación del genoma complete (WGS)
 Versión el Set  V1.1
 Configuración  16 RXN (1000013452)
 96 RXN (1000013453)
 Periodo de validez  9 meses
 Tiempo de ensayo  ~ 3.5 horas
 Cantidad inicial  80-200 ng de DNA fragmentado
 Tipo de muestra  gDNA
 Compatibilidad de especies  Humana, animales, plantas, hongos, bacterias, metagenómica, etc.
 Método de fragmentación  Sonicación
 Tamaño de fragmento recomendado  350-400bp
 Plataformas compatibles  DNBSEQ-G400, DNBSEQ-G50, DNBSEQ-T7
 Tamaño de lectura recomendado  SE100, PE100, PE150, PE200,SE400

 

  • Compatible con múltiples especies: compatible con diferentes muestras humanas, de animales, plantas, bacterias, hongos, etc., por ejemplo: muestras humanas (sangre, saliva, tejido fresco), ratones, arroz, E. coli y metagenómica.
  • No acumula errores por amplificación: al eliminar los pasos de amplificación por PCR, la librería genómica libre de PCR secuenciada en las plataformas DBNSEQTM de MGI no tiene acumulación de errores por amplificación, resultando en una mejor fidelidad del genoma.
  • Rendimiento excelente en la detección de variantes: comparada con la secuenciación de genomas (WGS) tradicional con amplificación por PCR, la WGS libre de PCR muestra una alta sensibilidad y precisión en la detección de variantes, especialmente INDELS.
  • Flujo de trabajo rápido, simple y automático: la preparación de librería puede ser llevada a cabo en 3.5 horas partiendo de ADN seleccionado por tamaño. El flujo de trabajo es simple y apto para la automatización sin riesgo de contaminación del amplicon.
  • Alta uniformidad de cobertura: comparada con la secuenciación de genomas (WGS) tradicional con amplificación por PCR, la WGS libre de PCR reduce el sesgo GC y mejora la uniformidad de cobertura en todo el genoma, especialmente en las regiones ricas en GC, promotor y regiones repetitivas.

 

Debido a la alta calidad y el bajo sesgo de la fragmentación enzimática, este set puede llevar a cabo una fragmentación de 50-1000 ng de gDNA. La distribución de tamaño del ADN fragmentado es similar al fragmentado mediante técnicas mecánicas. Combinado con los secuenciadores DNBSEQTM de MGI, es realmente una secuenciación libre de PCR sin acumulación de errores por amplificación.

 

ESPECIFICACIONES DE PRODUCTO

 Nombre del producto  MGIEasy FS PCR-Free DNA Library Prep Set
 Aplicación  Secuenciación del genoma complete (WGS)
 Versión  V1.1
  Configuración  16 RXN (1000013454)
 96 RXN (1000013455)
 Periodo de validez  9 meses
 Tiempo de ensayo  ~ 3.9 horas
 Cantidad inicial  50-1000 ng de gDNA
 Tipo de muestra  gDNA, WGA DNA
 Compatibilidad de especies  Humana, animal, plantas, hongos, bacterias, metagenómica, etc.
 Método de fragmentación  Enzimática
 Tamaño de fragmento recomendado  350-660bp
 Plataformas compatibles  DNBSEQ-G400, DNBSEQ-G50, DNBSEQ-T7
 Tamaño de lectura recomendado  SE100, PE100, PE150

 

  • Buena compatibilidad de fragmentación para diferentes especies: usando enzimas de alta calidad y bajo sesgo, y diferentes cantidades de entrada para diferentes especies con las mismas condiciones de incubación, se consigue un rango de fragmentos consistente y concentrado.
  • Flujo de trabajo simple y automático: La preparación de librería puede ser llevada a cabo en 3.5 horas. Es compatible con los sistemas de preparación de muestras automático.
  • Buena uniformidad de cobertura: la cobertura del genoma alcanza un rendimiento comparable a los conseguidos con Covaris. Esta técnica cubre regiones ricas en GC, así como promotor y regiones repetitivas. Es significativamente mejor que los métodos de secuenciación del genoma (WGS) tradicionales.
  • Rendimiento estable: El sistema de reacción incrementa la calidad de la librería resultando en un rendimiento estable de la librería.
  • No acumula errores por amplificación: la librería genómica libre de PCR secunciada en las plataformas DBNSEQTM de MGI no tiene acumulación de errores por amplificación, resultando en una mejor fidelidad del genoma.
  • Eficiencia de variantes excelente: La eficacia en la detección de variantes de FS PCR-free es similar a Covaris, y mejor que otros métodos que usan PCR, especialmente en el caso de los indels.

La preparación de librería está optimizada para convertir 0.5-50 ng de DNA fragmentado en una librería customizada. Este kit utiliza una tecnología avanzada para la ligación de los adaptadores y unas enzimas de alta fidelidad para la PCR, las cuales incrementan significativamente el rendimiento de la librería. El kit de preparación de librería se puede aplicar en muestras de todo tipo de animales comunes, plantas, hongos, bacterias, etc., incluyendo humano, ratón, arroz, Arabidopsis, levadura, E. coli, Metagenomica, etc.

 

ESPECIFICACIONES DE PRODUCTO

 Nombre de producto  MGIEasy Universal DNA Library Prep Set
 Aplicación  WGS, de novo WGS
 Versión  V1.0
 Configuración  16 RXN (1000006985)
 96 RXN (1000006986)
 Tiempo de ensayo  ~ 4.5 horas
 Cantidad inicial  0.5-50 ng de ADN fragmentado
 Tipo de muestra  gDNA, FFPE, cfDNA, ChiP DNA, etc.
 Compatibilidad de especies  Humana, ratón, arroz, Arabidopsis, levadura, E. coli, meta, FFPE, etc.
 Método de fragmentación  Mecánica
 Plataformas compatibles  DNBSEQ-G400, DNBSEQ-G50, DNBSEQ-T7
 Tamaño de lectura recomendado  PE50, PE100, PE150

 

APLICACIONES RECOMENDADAS

Tipo de muestra Longitud de lectura Aplicación
 Humana  PE100/PE150  Resecuenciación del genoma completo (investigación/clínica), grandes estudios de cohortes poblacionales
 Animal/Planta  PE100/PE150  Cultivo molecular de animales o plantas, evolución de la población, secuenciación de novo
 Metagenómica  PE100/PE150  Secuenciación metagenómica

 

  • Baja cantidad inicial de ADN: el kit funciona con muy poca cantidad de ADN inicial. Se necesitan 0.5ng de ADN fragmentado por muestra.
  • Abarca un amplio rango de especies: Compatible con muchos tipos de especies, como humana, ratón, arroz, Arabidopsis, levadura, E. coli, metagenómica, FFPE, etc.
  • Buena compatibilidad de muestras: funciona con gDNA, FFPE, cfDNA, ChIP DNA y otras muestras con diferentes grados de degradación.
  • Proceso rápido: La preparación de librería puede ser completada en 4.5 horas.

La preparación de librería está optimizada para convertir 5-400ng de ADN genómico en una librería personalizada. Este kit utiliza una tecnología avanzada para la ligación de los adaptadores y unas enzimas de alta fidelidad para la PCR que incrementan significativamente el rendimiento de la librería. El kit de preparación de librería se puede aplicar en muestras de todo tipo de animales comunes, plantas, hongos, bacterias, etc., incluyendo humano, ratón, arroz, Arabidopsis, levadura, E. coli, Metagenomica, etc.

 

ESPECIFICACIONES DE PRODUCTO

 Nombre de producto  MGIEasy FS DNA Library Prep Set
 Aplicación  WGS, de novo WGS
 Versión  V2.0
 Configuración  16 RXN (1000006987)
 96 RXN (1000006988)
 Tiempo de ensayo  ~ 5.5 horas
 Cantidad inicial  5-400 ng de gDNA
 Tipo de muestra  gDNA, FFPE
 Compatibilidad de especies  Humana, ratón, arroz, Arabidopsis, levadura, E. coli, meta, FFPE, etc.
 Método de fragmentación  Digestión enzimática
 Tamaño de fragmento recomendado  350-660bp
 Plataformas compatibles  DNBSEQ-G400, DNBSEQ-G50, DNBSEQ-T7
 Tamaño de lectura recomendado  PE100, PE150

 

APLICACIONES RECOMENDADAS

Tipo de muestra Longitud de lectura Aplicación
 Humana  PE100/PE150  Resecuenciación del genoma completo (investigación/clínica), grandes estudios de cohortes poblacionales
 Animal/Planta  PE100/PE150  Cultivo molecular de animales o plantas, evolución de la población, secuenciación de novo
 Metagenómica  PE100/PE150  Secuenciación metagenómica

 

  • Compatible con diferentes muestras: gDNA, FFPE y muestras con diferentes grados de degradación.
  • Rápido proceso de preparación de librería: La preparación de librería puede ser completada en 5.5 horas sin interrupcion mecánica.
  • Abarca un amplio rango de especies: Humana, animales y plantas, bacterias, hongos y muestras metagenómicas con una baja concentración de partida.
  • Proceso completo automatizado: compatible con los sistemas de preparación de muestras automático MGISP-100 y MGISP-960.

 

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