stLFR – Secuenciación de fragmentos largos

Está tecnología permite obtener fragmentos más largos hasta 40 kb, lo que permite un mejor y más fácil ensamblaje del genoma.

 

Se basa en la tecnología patentada del co-barcoding, que añade el mismo barcode a todos los subfragmentos de una molécula larga de ADN original. En nuestra librería final tendremos muchos fragmentos con un código de barras único, que se corresponderán con la molecula larga de ADN original.

 

BENEFICIOS

  • Lectura larga a partir de fragmentos cortos.
  • Alta precision.
  • Más barato que otras tecnologías secuenciación fragmentos largos.
  • Detecta SV/CNV/Delins/SNP.

 

APLICACIONES

  • Secuenciación de novo: usa lecturas cortas para conseguir toda la información de una lectura larga, de una manera más barata.
  • Diferenciar entre alelos: con WGS tradicional no se puede diferenciar los diferentes haplotipos, con stLFR sí.
  • Mapear secuencias homólogas con una alta calidad: el mapeo de secuencias homólogas con lecturas cortas es de muy baja calidad, con stLFR se obtiene el mapeo de genes con una elevada homología de secuencias, ej. SMN1/SMN2.
  • Detección de variaciones estructurales: deleciones, insersiones, translocaciones, etc. 

 

FLUJO DE TRABAJO

 

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Gamas

Es el primer kit del mundo de preparación de librería de largos fragmentos con menos particiones del fragmento de ADN. Este kit puede leer la información genética de una manera muy exacta y precisa. Junto con los secuenciadores DNBSEQTM de MGI, este kit proporciona una alta calidad en la detección de pequeñas variantes, en los genomas diploides, en la detección de variaciones en la estructura y en otras aplicaciones para las que se usan los fragmentos largos.

 

FLUJO DE TRABAJO

 

ESPECIFICACIONES DEL PRODUCTO

Configuración  16 RXN(1000005622)
Periodo de validez  6 meses
Cantidad inicial  1.5 ng de gDNA
Compatibilidad de especies  Múltiples especies
Flujo de trabajo  Fragmentación enzimática, co-barcoding, introducir otros adaptadores, amplificar con PCR y hacer las nanobolas
Plataformas compatibles  DNBSEQ-G400, DNBSEQ-G50
Tamaño de lectura recomendado  PE100+42
Cobertura recomendada  Para resecuenciación: 30x, ~650M de lecturas (PE100)

*Requisitos para la muestra de ADN: el ADN requerido para librerías stLFR necesita ser de alto peso molecular. Cuanto más largo sea el fragmento de ADN original, mejor será el rendimiento de la librería. Normalmente los ADN extraidos con los métodos sugeridos a continuación son frecuentemente superiores a 100 kb:

Los kit sugeridos para extraer el ADN son: Qiagen MagAttract HMW DNA Kit (Cat No./ID: 67563) o Agilent Technologies RecoverEase DNA Isolation Kit (Catalog No.50-126-011). La concentración de ADN requerida deberá ser mayor que 1 ng/ul y la cantidad mayor de 500ng.

 

  • Información de largo alcance: provee información de largo alcance con una secuenciación precisa de lecturas cortas.
  • Detección potente de variaciones estructurales: detecta variaciones estructurales, como deleciones, inversions, translocaciones e insersiciones.
  • Fácil de automatizar: solución fácil de automatizar basada en microesferas magnéticas.
  • Sin pre-amplificación: alta calidad de librerías genómicas (WGS) con un material de partida de 1.5 ng de ADN.
  • Reacción en un solo tubo: no es necesario un robot de manipulación de líquidos ni sistemas microfluidicos.

 

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