Secuenciadores NGS DNBSEQ

Las plataformas DNBSEQ-50, DNBSEQ-400 y DNBSEQ-T7 son las soluciones integradas para secuenciación de pequeña, media y gran escala de MGI. Gracias a sus diferentes sistemas de flow cell, se ajustan a las necesidades de cada cliente optimizando a la vez los tiempos de secuenciación.

 

A través de la innovadora tecnología DNBSEQTM de MGI (DNA NanoBall Sequencing), se aumenta la precisión de la secuenciación a la vez que disminuyen en gran medida los duplicados y el index hopping.

 

PRINCIPALES CARACTERÍSTICAS

  • Flexibles – Diferentes opciones de longitud de lectura y compatible con distintos tipos de muestra
    Lecturas disponibles: SE50, SE100, SE150, PE100, PE150, PE200 y SE400.
    Compatible con muestras de humano, plantas, animales, bacterias entre otras.

  • Accesibles – Coste-efectivo y adaptable a diferentes entornos
    Secuenciación incluso a baja presión a grandes altitudes o entornos marinos con una plataforma de flow cell mejorada y tecnología microfluídica.

 

  • Inteligentes – Operaciones totalmente automatizadas y software de análisis integrado
    Carga de muestra, secuenciación y análisis de datos en un solo instrumento.
    Sistema de carga de DNB integrado que proporciona un preciso análisis genético con un mínimo tiempo de manipulación.
    El software de análisis del sistema facilita datos de secuenciación básicos en formato FASTQ al tiempo que calcula los controles de calidad de todas las bases.

 
 Modelo DNBSEQ-T7 DNBSEQ-G400 DNBSEQ-G50
 Características Alto rendimiento Versátil Efectivo
 Capacidad 1 - 6 Tb 55 - 1440 Gb 10 - 150 Gb
 Flow Cell FC 5000M x 4 FCS 550M x 2
FCL 1500-1800M x 2
FCS 100M x 1
FCL 500M x 1
 Longitud mínima de lecturas PE100 SE50 SE50
 Longitud máxima de lecturas PE150 SE400 PE150

 

Tecnología DNBSEQTM

La tecnología DNBSEQTM se basa en la generación de DNBs (nanobolas de DNA) a partir de un fragmento de DNA de cadena sencilla circular, sobre el que se produce la amplificación Rolling Circle Amplification (RCA), se trata de una amplificación lineal que genera una hebra de DNA con 300 a 500 copias del fragmento original, por lo que no hay acumulación de errores.

 

Circularización ADN de cadena sencilla y Rolling Circle Amplification (RCA) – Mayor precisión en secuenciación

La tecnología de Rolling Circle Amplification (RCA) para generación de librerías DNBSEQTM hace posible la eliminación de errores asociados a otros métodos basados en PCR. Solamente la molécula de ADN original se utiliza para generar copias y, por lo tanto, no se acumulan errores de amplificación. Esto resulta en una mayor precisión en la detección de variantes como SNPs y delins.

VENTAJAS

  • 300-500 copias.
  • Amplificación lineal.
  • Sin errores por acumulación.
  • Bajo sesgo PCR.
  • Sin sobrecarga.

 

Patterned Array y Carga de DNBs - Reducción de duplicados e Index Hopping

El array optimizado asegura que solo una DNB es hibridada en cada micropocillo, lo que supone una saturación óptima de DNB del flow cell con una uniformidad sin precedentes. Esto permite una reducción en la tasa de duplicados cuya tasa se sitúa por debajo del 3%.

Cada spot capta solamente una nanobola, lo que implica alta intensidad y exactitud de la señal.

 

Siguen el siguiente proceso:

  1. Sedimentación por gravedad.
  2. Las nanobolas son atraídas por los spots por diferencia de carga.
  3. Se combinan con el spot mediante fuerzas de Van der Waals.
  4. Embebido de proteínas que hace que se ajusten al spot sin posibilidad de sobrecarga.
  5. Lavado para eliminar los restos.

 

 

VENTAJAS

  • El diseño de los spots del flow cell previene la interferencia entre señales favoreciendo alta intensidad de éstas.
  • Precisa fijación de las nanobolas a los spots del chip también reduciendo interferencias no deseadas.
  • El array maximiza la utilización del sistema de imagen y la superficie del chip aumentando la precisión.
  • Baja tasa de duplicados que se reducen por debajo del 3%.
  • Bajo índice de index hopping, se reduce la tasa hasta 0.0001%-0.0004%.

 

Tecnología cPAS

cPAS (combinatorial Probe-Anchor Synthesis) es la innovadora tecnología desarrollada por BGI. Es la versión optimizada de la tecnología cPAL (combinatorial Probe-Anchor Ligation) de Complete Genomics. Mediante esta tecnología se incrementa la precisión de la secuenciación con una mayor velocidad y longitud de los fragmentos generados.

VENTAJAS

  • Las enzimas de MGI reaccionan completamente en 60 segundos gracias al trabajo de optimización de los procesos.
  • Tanto el anclaje del ADN como el de la fluorescencia se producen en la nanobola, lo que hace que la tasa de error sea menor de 0.001%.
  • Debido a la eficiencia en la adquisición de datos, puede alcanzar un mayor rendimiento que otras tecnologías de secuenciación NGS en un corto periodo de tiempo.

 

Nueva tecnología CoolMPS

Tecnología, diseñada por MGI para las plataformas DNBSEQ. Permite lecturas más largas y de mayor calidad a un precio competitivo, comparado con la química tradicional basada en PCR. Se basa en el uso de nucleótidos naturales con un bloque de extensión en el extremo 3’ y en anticuerpos muy específicos para cada base y su bloque que están marcados con fluorescencia.

VENTAJAS

  • Intensidad de señal más alta gracias a la capacidad de añadir más moléculas fluorescentes a los anticuerpos.
  • Imágenes más claras.
  • No se produce scar debido al eficiente proceso de lavado de los anticuerpos.
  • Óptica simple.
  • Q30 mayor al 90%.

 

 

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Gamas

MGI - Secuenciador DNBSEQ-G50

DNBSEQ-G50 adapta el novedoso sistema de flow cell con un array de patrón específico que permite una elevada densidad de datos con una mínima interferencia en la señal de fluorescencia. La Tecnología de Bypass Assisted Substitution (BAST) empleada en el DNBSEQ-G50 reduce significativamente la cantidad de reactivos necesaria para la secuenciación.

 

DNBSEQ-G50 se posiciona como un secuenciador de alta eficiencia. Las soluciones totales se basan en diferentes aplicaciones para DNBSEQ-G50 junto con el sistema de preparación automático de librerías MGISP-100. De este modo se facilitan una serie de aplicaciones con diferentes rendimientos y tiempos de procesado flexibles que cubren las diferentes necesidades en el ámbito clínico y en la investigación. El equipo abarca una serie de aplicaciones como la secuenciación dirigida de ADN y ARN, identificación de patógenos o secuenciación de paneles, entre otras.

 

PARÁMETROS DE SECUENCIACIÓN

DNBSEQ-G50
 Número de flow cell 1 1
 Tipo de flow cell FCS (Flow Cell Short) FCL (Flow Cell Long)
 Número de pistas por flow cell 1 1
 Lecturas efectivas* 75M – 100M 500M
 Longitud de lectura SE100
PE100
PE150
SE50
SE100
PE100
PE150

* El número máximo de lecturas efectivas se basa en la secuenciación de una librería interna estándar. Los resultados finales pueden variar en función del tipo de muestra y el método de preparación de librerías.

 

CAPACIDAD DE SECUENCIACIÓN

DNBSEQ-G50
Tipo de flow cell Longitud de lectura Número de lecturas Datos generados Q30* Tiempo de carrera**
FCL SE50 500M ~25G >85% ~11 h
FCL SE100 500M​ ~50G >85% ~17 h
FCL PE100 500M​ ~100G >85% ~47 
FCL PE150 500M​ ~150G >80% ~66 h
FCS SE100 100M​ ~10G >80% ~10 h
FCS PE100 100M​ ~20G >85% ~30 h
FCS PE150 75M ~23G >80% ~43 h

 * El porcentaje de las bases por encima del Q30 es la media de una librería estándar durante la carrera completa. Los resultados finales pueden verse afectados por factores como el tipo de muestra, calidad de la librería y la longitud de los fragmentos.

** Los tiempos de carrera ha sido calculado para toda la carrera, incluyendo carga de muestra, secuenciación, llamado de bases y procesado de datos.

 

MUESTRAS POR CARRERA

DNBSEQ-G50
Aplicación Muestras/carrera Notas
 Exoma completo (V4) 9-13  59Mb, profundidad 100x, lecturas PE150, FCL
 Exoma completo (V5) 7-11  69Mb, profundidad 100x, lecturas PE150, FCL
 Exoma completo (V4) 1-2  59Mb, profundidad 100x, lecturas PE150, FCS
 Exoma completo (V5) 1-2  69Mb, profundidad 100x, lecturas PE150, FCS
 Genoma completo 1  3.2Gb, profundidad 30x, lecturas PE150, FCL
 Metagenómica 5-8  100Mb, profundidad 100x, lecturas PE150, FCL
 Metagenómica 1 100Mb, profundidad 100x, lecturas PE150, FCS
 Pequeños genomas* 96  5Mb, profundidad 30x, lecturas PE150, FCL
 Pequeños genomas* 68-96  5Mb, profundidad 30x, lecturas PE150, FCS
 Paneles de genes 54-81  1Mb, profundidad 1.000x, PE150, ej. panel oncología, FCL
 Paneles de genes 10-16  1Mb, profundidad 1.000x, PE150, ej. panel oncología, FCS
 Transcriptomas 10-16  50Mb, lecturas PE150, FCL
 Transcriptomas 2-3  50Mb, lecturas PE150, FCS

* Genomas microbianos

∞ Este número máximo de muestras está limitado por el número de barcodes por flow 

 

MUESTRAS POR AÑO

DNBSEQ-G50
Aplicación

Muestras/año* (250 días laborables)

Notas
 Exoma completo (V4) 1375  59Mb, profundidad 100x, lecturas PE150, FCL
 Exoma completo (V5) 1125  69Mb, profundidad 100x, lecturas PE150, FCL
 Exoma completo (V4) 187  59Mb, profundidad 100x, lecturas PE150, FCS
 Exoma completo (V5) 187  69Mb, profundidad 100x, lecturas PE150, FCS
 Genoma completo 125  3.2Gb, profundidad 30x, lecturas PE150, FCL
 Metagenómica 750  100Mb, profundidad 100x, lecturas PE150, FCL
 Metagenómica 125  100Mb, profundidad 100x, lecturas PE150, FCS
 Pequeños genomas* 12.000  5Mb, profundidad 30x, lecturas PE150, FCL
 Pequeños genomas* 10.000  5Mb, profundidad 30x, lecturas PE150, FCS
 Paneles de genes 8.750  1Mb, profundidad 1.000x, PE150 ej. panel oncología, FCL
 Paneles de genes 1.625  1Mb, profundidad 1.000x, PE150 ej. panel oncología, FCS
 Transcriptomas 1.625  50Mb, lecturas PE150, FCL
 Transcriptomas 250  50Mb, lecturas PE150, FCS

* Las cifras estimadas son un cálculo conservativo de las anteriores cifras por carrera

 

 

 

 

  • Datos entre 10Gb y 150Gb por carrera.
  • Secuenciación PE100 en 30 horas.
  • Soporta diferentes longitudes de lectura incluyendo SE50, SE100, PE100 y PE150.

 

  • Flexible rendimiento de 100 ó 500 millones de lecturas según el flow cell elegido.
  • Detección de variantes de baja frecuencia, hasta de un 0.5%.
  • Ensamblaje de genomas pequeños con 10 Gb en 10 horas.

 

MGI - Secuenciador DNBSEQ-G400

 

Secuenciador flexible y completo.

DNBSEQ-G400 incorpora un nuevo sistema de flow cell que ofrece una gran flexibilidad en cuanto a modos de secuenciación. DNBSEQ-G400 adopta unos novedosos sistemas ópticos y bioquímicos que pueden llevar a cabo el proceso de secuenciación rápidamente, dando al usuario una experiencia de secuenciación más optimizada.

 

PARÁMETROS DE SECUENCIACIÓN

DNBSEQ-G400
 Número de flow cell por carrera  1-2  1-2
 Tipo de flow cell  FCS (Flow Cell Short)  FCL (Flow Cell Long)
 Número de pistas por flow cell  2  4
 Lecturas efectivas/flow cell*  550M  1.500M-1.800M
 Longitud de lectura

 SE100

 PE100

 PE150

 SE50

 SE100

 SE400

 PE100

 PE150

 PE200

* El número máximo de lecturas efectivas se basa en la secuenciación de una librería interna estándar. Los resultados finales pueden variar en función del tipo de muestra y el método de preparación de librerías

 

CAPACIDAD DE SECUENCIACIÓN

DNBSEQ-G400
Tipo de flow cell Longitud de lectura Número de lecturas Datos generados Q30* Tiempo de carrera**
FCL SE50 1.500-1.800M 75-90G >85% ~11 h
FCL SE100 1.500-1.800M 150-180G >85% ~17 h
FCL SE400 1.500-1.800M 600-720G >70% ~109h
FCL PE100 1.500-1.800M 300-360G >85% ~54 h
FCL PE150 1.500-1.800M 450-540G >75% ~78 h
FCL PE200 1.500-1.800M 600-720G TBD TBD
FCS SE100 550M 55G >85% 12-14 h
FCS PE100 550M 110G >85% ~26 h
FCS PE150 550M 165G >75% ~38 h

* El porcentaje de las bases por encima del Q30 es la media de una librería estándar durante la carrera completa. Los resultados finales pueden verse afectados por factores como el tipo de muestra, calidad de la librería y la longitud de los fragmentos

** Los tiempos de carrera ha sido calculado para toda la carrera, incluyendo carga de muestra, secuenciación, llamado de bases y procesado de datos.

 

MUESTRAS POR CARRERA

DNBSEQ-G400
 Apliación Muestras/carrera& Notas
 Exoma completo (V4) 30-49  59Mb, profundidad 100x, lecturas PE150, FCL
 Exoma completo (V5) 26-42  69Mb, profundidad 100x, lecturas PE150, FCL
 Exoma completo (V4) 10-15  59Mb, profundidad 100x, lecturas PE150, FCS
 Exoma completo (V5) 8-12  69Mb, profundidad 100x, lecturas PE150, FCS
 Genoma completo 4-5  3.2Gb, profundidad 30x, lecturas PE150, FCL
 Genoma completo 1  3.2Gb, profundidad 30x, lecturas PE150, FCS
 Metagenómica 18-29  100Mb, profundidad 100x, lecturas PE150, FCL
 Metagenómica 6-8  100Mb, profundidad 100x, lecturas PE150, FCS
 Pequeños genomas* 384  5Mb, profundidad 30x, lecturas PE150, FCL
 Pequeños genomas* 192  5Mb, profundidad 30x, lecturas PE150, FCS
 Paneles de genes 180-290  1Mb, profundidad 1000x, PE150 ej. panel oncología, FCL
 Paneles de genes 60-89  1Mb, profundidad 1000x, PE150 ej. panel oncología, FCS
Transcriptomas 36-58  50Mb, lecturas PE150, FCL
Transcriptomas 12-17  50Mb, lecturas PE150, FCS

& Muestras por cada flow cell

* Genomas microbianos

∞ Este número máximo de muestras está limitado por el número de barcodes por flow cell

 

MUESTRAS POR AÑO

Aplicación Muestras/año* (250 días laborables) Notas
 Exoma completo (V4) 5.500  59Mb, profundidad 100x, lecturas PE150, FCL
 Exoma completo (V5) 4.250  69Mb, profundidad 100x, lecturas PE150, FCL
 Exoma completo (V4) 1.500  59Mb, profundidad 100x, lecturas PE150, FCS
 Exoma completo (V5) 1.250  69Mb, profundidad 100x, lecturas PE150, FCS
 Genoma completo 625  3.2Gb, profundidad 30x, lecturas PE150, FCL
 Genoma completo 125  3.2Gb, profundidad 30x, lecturas PE150, FCS
 Metagenómica 2.875  100Mb, profundidad 100x, lecturas PE150, FCL
 Metagenómica 875  100Mb, profundidad 100x, lecturas PE150, FCS
 Pequeños genomas* 48.000  5Mb, profundidad 30x, lecturas PE150, FCL
 Pequeños genomas* 24.000  5Mb, profundidad 30x, lecturas PE150, FCS
 Paneles de genes 30.000  1Mb, profundidad 1.000x, PE150 ej. panel oncología, FCL
 Paneles de genes 8.750  1Mb, profundidad 1.000x, PE150 ej. panel oncología, FCS
 Transcriptomas 5.875  50Mb, lecturas PE150, FCL
 Transcriptomas 1.750  50Mb, lecturas PE150, FCS

* Las cifras estimadas son un cálculo conservativo de las anteriores cifras por carrera

 

 

 

 

  • Hasta 1.4Tb de secuenciación en un run en dos flow cell que corren en paralelo.
  • Secuenciación PE150 en 38 horas.
  • Soporta diferentes longitudes de lectura incluyendo SE50, SE100, SE400, PE100, PE150 y PE200.

 

  • Amplio rendimiento desde 550 hasta 1.800 millones de lecturas según el flow cell elegido.
  • Detección de variantes de baja frecuencia, hasta de un 0.5%.
  • Posibilidad de correr dos flow cell en pararelo.

 

MGI - Secuenciador DNBSEQ-T7

Alta velocidad, gran flexibilidad y un enorme rendimiento – acelere su secuenciación.

DNBSEQ-T7 puede generar 1-6Tb de datos de alta calidad por día para un amplio rango de aplicaciones incluyendo secuenciación de genoma completo (15-60 WGS 30X por carrera), exoma completo (100-400 WES 100X por carrera), epigenoma, transcriptoma y paneles dirigidos. Potenciado por la tecnología DNBSEQTM, DNBSEQ-T7 ofrece una secuenciación más eficiente y productiva con avances en sus sistemas bioquímicos, fluídicos y ópticos.

DNBSEQ-T7 viene acompañado del MGIDL-T7, un aparato auxiliar esencial. Este equipamiento se utiliza para preparar los flow cells de secuenciación cargando las pre-preparadas nanobolas de ADN (DNB nanoballs) y/o reactivos en un flow cell. Puede cargar uno o dos flow cells en menos de dos horas.

 

 

PARÁMETROS DE SECUENCIACIÓN

DNBSEQ-T7
 Número de flow cell por carrera 1-4
 Tipo de flow cell FCL (Flow Cell Long)
 Número de pistas por flow cell 1
 Lecturas efectivas/flow cell* 5000M
 Longitud de lectura

PE100

PE150

* El número máximo de lecturas efectivas se basa en la secuenciación de una librería interna estándar. Los resultados finales pueden variar en función del tipo de muestra y el método de preparación de librerías

 

DNBSEQ-T7
Tipo de flow cell Longitud de lectura Número de lecturas Datos generados Q30* Tiempo de carrera**
FCL PE100 5000M ~1Tb >85% ~20 h
FCL PE150 5000M ~1.5Tb >80% ~24 h

* El porcentaje de las bases por encima del Q30 es la media de una librería estándar durante la carrera completa. Los resultados finales pueden verse afectados por factores como el tipo de muestra, calidad de la librería y la longitud de los fragmentos.

** Los tiempos de carrera ha sido calculado para toda la carrera, incluyendo carga de muestra, secuenciación y llamado de bases.

 

CAPACIDAD DE SECUENCIACIÓN

DNBSEQ-T7
Modalidad de secuenciación Profundidad de lectura Datos generados Modalidad de carrera Muestras/día Muestras/año (5 carreras/ semana) Muestras/ año (3 carreras/ semana)
WGS 33x 100G/muestra 1 flow cell por carrera
(1 kit de secuenciación)
10-15 3.900 2.340
2 flow cell por carrera
(1 kit de secuenciación)
20-30 7.800 4.680
3 flow cell por carrera
(1 kit de secuenciación)
30-45 11.700 7.020
4 flow cell por carrera
(1 kit de secuenciación)
40-60 15.600 9.360
WES 100x 15G/muestra 1 flow cell por carrera
(1 kit de secuenciación)
64-96 26.000 15.600
2 flow cell por carrera
(1 kit de secuenciación)
180-192 52.000 31.200
3 flow cell por carrera
(1 kit de secuenciación)
192-288 78.000 46.800
4 flow cell por carrera
(1 kit de secuenciación)
256-384 104.000 62.400
Transcriptoma (ARNm)   15G/muestra 1 flow cell por carrera
(1 kit de secuenciación)
96 26.000 15.600
2 flow cell por carrera
(1 kit de secuenciación)
192 52.000 31.200
3 flow cell por carrera
(1 kit de secuenciación)
288 78.000 46.800
4 flow cell por carrera   (1 kit de secuenciación) 384 104.000 62.400

∞ Este número máximo de muestras está limitado por el número de barcodes por flow cell

 

  • Hasta 6Tb de secuenciación en un solo run.
  • Longitudes de lectura optimizadas para PE100, PE150.
  • Alta velocidad que permite una secuenciación PE150 en solo 24 horas.

 

  • Amplio rendimiento de hasta 20.000 millones de lecturas en una sola carrera.
  • Detección de variantes de baja frecuencia, hasta de un 0.5%.
  • Posibilidad de correr cuatro flow cell en pararelo.

 

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