En el proceso de preparación y secuenciación de las muestras para conocer su HLA mediante secuenciación masiva se utilizan dos equipos: El Ion Chef para la preparación del template y el secuenciador S5.
Ion S5
El secuenciador Ion S5 junto con los reactivos AllType™ permite obtener el tipaje HLA en alta resolución en un único paso y en menos de 3 días.
La tecnología Ion Torrent basada en chips semiconductores captura información química a partir de dNTP’s naturales y la actividad polimerasa y la traduce a información digital o “nucleotide base calls”. Como resultado, completar un “run” en el secuenciador Ion S5 sólo requiere una fracción del tiempo empleado por secuenciadores basados en sistemas tradicionales de detección de luz.
Los datos generados en el secuenciador Ion S5 durante el proceso de secuenciación son descargados en tiempo real al servidor (Torrent Server) que se encuentra integrado en el equipo y son procesados de forma automática por el software de análisis TypeStream™.
El secuenciador Ion S5 se encuentra disponible en dos configuraciones (Ion S5 y Ion S5 XL) aportando así a los laboratorios flexibilidad a la hora de elegir el equipo que mejor se adapte a sus necesidades.
PRINCIPALES CARACTERÍSTICAS
- Velocidad: Tiempo de secuenciación inferior a 6 horas.
- Facilidad de uso: Sistema de cartuchos para consumibles que permite un tiempo de puesta en marcha del equipo inferior a 5 minutos.
- Escalabilidad: el secuenciador Ion S5 XL dispone de un potente servidor externo que permite completar dos “runs” completos al día (960 muestras a la semana), mientras que el Ion S5 permite completar un “run” completo al día (480 muestras a la semana).
- Software: el software de análisis TypeStreamTM se encuentra integrado en el servidor del equipo y procesa de forma automática los datos generados por el secuenciador.
REFERENCIAS
| Referencia | Descripción |
|---|---|
| IONS5 | Secuenciador Ion S5 |
| IONS5XL | Secuenciador Ion S5 XL |
Ion Chef
Realiza la preparación del template y la carga en el chip de las muestras que irán posteriormente al secuenciador. La preparación del template fuera del secuenciador (como se realiza en otras plataformas) permite reducir cuellos de botella en el secuenciador, aportando eficiencia y flexibilidad al laboratorio.
PRINCIPALES CARACTERÍSTICAS
- Simplifica el trabajo, automatizando el proceso (15 min trabajo manual).
- Reduce las fuentes de error asociadas a la manipulación manual.
- Preparación del template y carga del chip automatizadas.
- Sistema basado en cartuchos.
REFERENCIA
| Referencia | Descripción |
|---|---|
| IONCHEF | Sistema Ion Chef |
